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【遺伝子】ナノグラムレベルのRNAから遺伝子発現をキャッチする新解析手法を確立

1 : ◆KzI.AmWAVE @Hφ=Eφ ★:2010/06/14(月) 21:45:55 ID:??? ?2BP(135)

ナノグラムレベルのRNAから遺伝子発現をキャッチする新解析手法を確立
−2つの新たな解析手法がRNAの網羅的な機能解析を促進−

◇ポイント◇
* nanoCAGE法でナノグラムを解析、CAGEscan法で5´と3´側の両配列を決定
* 未知のトランスクリプトーム解析や細胞核と細胞質のRNAの比較を実現
* RNAの研究を促進させ、がんの個別診療など医療分野への応用に期待

独立行政法人理化学研究所(野依良治理事長)は、イタリアのSISSA(Scuola Internazionale Superiore di Studi Avanzati)と
共同で、従来のCAGE 法の感度を1,000倍以上向上させ、ナノグラムレベル(ng:1ngは10^-9グラム)のmRNAを解析して
遺伝子の転写開始点を決定することができるnanoCAGE法と、mRNA鎖の5´ 末端と3´ 側の両方の配列を一度に解析する
ことができるCAGEscan法という2つの高感度な新遺伝子発現解析方法を開発しました。理研オミックス基盤研究領域
(OSC、林崎良英領域長)のピエロ・カルニンチ チームリーダーと SISSA神経生物学部門のステファノ・グスティンチッチ
(Stefano Gustincich)博士らの共同研究による成果です。

nanoCAGE法は、現行のCAGE法などの遺伝子発現解析法がマイクログラムレベル(μg:1μgは10^-6グラム)の RNAの量を
必要とするのに対し、ngレベルのRNAの量でも解析できるように設計した技術で、DNAの断片であるプライマー配列の工夫と
cDNAの特異的な増幅法の導入によって、CAGE法と比較して1,000 倍以上の感度向上を実現しました。このため、単一の
細胞に存在している微量なmRNAの5´末端を検出し、関連するプロモーターをゲノム上で同定することができます。
このことは、個々の細胞内の遺伝子発現がどのように制御されているかを網羅的に知ることで、例えば、神経細胞やがんを
発症している細胞などで発現する微量なRNAを解析することを可能にします。

一方CAGEscan法は、nanoCAGE法と同様に微量なmRNAを解析できる上に、次世代シーケンサーの能力を活用し、5´末端と
その反対側である3´側の塩基配列の両方を同時に解析できるというメリットがあります。その結果、5´末端が、自分自身や
ほかのmRNAの3´側の塩基配列に結合する様子を明らかにして、mRNA間の相互作用を理解することができるようになります。

さらに、CAGE法では、すべてのRNAを逆転写した後、mRNAだけを分離する必要があるため、解析終了までに約5日の日数
を費やしますが、 nanoCAGE法とCAGEscan法は、mRNA だけを逆転写することができるため、解析に要する時間を2〜3日と
短縮することができます。

両手法を導入することで、研究グループが「RNA新大陸」と名付けた全遺伝子の半分以上を占めるncRNAに関する知見を
増やし、これまで、ほとんど不明確なまま取り残されてきたRNAの理解が飛躍的に向上すると期待できます。

この成果は、英国の科学雑誌『Nature Method』の7月号に掲載されるに先立ち、オンライン版(6月13日付:日本時間6 月14日)
に掲載されました。

理化学研究所プレスリリース
http://www.riken.go.jp/r-world/research/results/2010/100614/index.html


Linking promoters to functional transcripts in small samples with nanoCAGE and CAGEscan
Nature Methods Published online: 13 June 2010 | doi:10.1038/nmeth.1470
http://www.nature.com/nmeth/journal/vaop/ncurrent/abs/nmeth.1470.html

2 : [―{}@{}@{}-] 名無しのひみつ:2010/06/14(月) 21:47:43 ID:J+PcMzel
これはすごいんじゃないか

3 :名無しのひみつ:2010/06/14(月) 21:49:01 ID:O/oSaNfK
ウイルス性の病気すべて治せるようになる

4 :名無しのひみつ:2010/06/14(月) 21:52:01 ID:MAbcow0n
こんなすごい技術さっさと仕分けしろ

5 :名無しのひみつ:2010/06/14(月) 21:55:50 ID:K3v0HJTF
やっぱ理研はすごいな

6 :タレコミ屋:2010/06/14(月) 21:59:50 ID:AdwzA33I
コメントに困る記事ですことw

7 :名無しのひみつ:2010/06/14(月) 22:54:38 ID:yaLS3AQW
これで火病の原因を突き止められるんじゃないか!?

8 :名無しのひみつ:2010/06/15(火) 00:00:15 ID:KyMuss0O
ところがどっこい、仕分けです

9 :名無しのひみつ:2010/06/15(火) 02:04:01 ID:NcPci2Vg
わからない予感

10 :名無しのひみつ:2010/06/15(火) 21:15:53 ID:mbAAaoM1
ナノグラム程度の塩基配列からわかるようになれば、摘出したサンプルが時間と共に腐食しても、問題ないと

11 :名無しのひみつ:2010/06/15(火) 22:54:15 ID:4+KnONgd
がん化に関わる遺伝子の発現を止められれば治療できるってことは、その逆も可能ってわけだな
全ての遺伝子を発現されたら人間はどんな姿になるんだろうな

12 :名無しのひみつ:2010/06/24(木) 19:18:16 ID:wlKJJkFS
だれか5行ぐらいでまとめてくれ

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